プラグインカテゴリーは1〜3までありますが、
2カラムテンプレ、3カラムテンプレいずれにしても、
ほとんどの場合、1〜2でこと足りるんじゃないかなと思っています。
そんな空いているプラグインカテゴリー3を使う方法です。
既にカテゴリー3にプラグインを追加していたら、
1か2に移動して置いて下さい。
1.テンプレートの<head>〜</head>内に、以下の記述を行う。
<!--plugin-->
<!--plugin_third-->
<%plugin_third_content>
<!--/plugin_third-->
<!--/plugin-->
2.テンプレ内のプラグイン3を定義している部分を削除。
こんな感じで書かれていると思いますので、削除します。
<!--plugin_third-->
<div class="box">
<div class="menu_cont">
<h3><%plugin_third_title></h3>
<div class="menubody">
<%plugin_third_description>
<div class="plugin_content">
<%plugin_third_content>
</div>
<%plugin_third_description2>
</div>
</div>
</div>
<!--/plugin_third-->
3.プラグインカテゴリー3の編集
「プラグインの設定」でプラグインカテゴリー3にフリーエリアを追加します。
フリーエリアの名前は、スクリプトの機能が分かりやすい名前を付けておくとよいでしょう。
追加したら、フリーエリアの設定の変更でHTML編集を行います。
入力エリアには既に、下記の記述がされていると思いますが、全て削除します。
<!-- &freeareaの中にHTMLが代入されます。 -->
<p class="plugin-freearea" &align>
&freearea
</p>
削除したら、そこにscriptを記述します。

これで、OK。
最初のテンプレカスタマイズ時にはあまり恩恵を受けないかもしれませんが、
スクリプトの追加、テンプレ乗せ換えの時は、最小限のカスタマイズで済み簡単になると思うんですが、どうでしょ。
スクリプトを外部ファイルにしている方には、余計なことかw
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